Okoli leta 1306 so na lokaciji starejše cerkve postavili triladijsko baziliko. Po l. 1379 so jo križnorebrasto obokali ter pozidali zvonik in prezbiterij.
Na začetku 15. stoletja so k sedanjemu prezbiteriju prizidali kapelo Žalostne Matere božje, izjemno kvalitetno arhitekturo klasične gotike, kjer je na ogled tudi Pieta. Cerkev je pozneje doživela več prezidav, v 19. stoletju so jo regotizirali, sedanjo podobo pa je dobila v drugi polovici 20. stoletja. Leta 2006, ko je Celje postalo sedež novoustanovljeno celjske škofije, je cerkev sv. Danijela postala stolnica.
